肛周脓肿术后切口的愈合时间和脓肿的手术方式有一定关系。如果肛周脓肿单纯性脓肿切开引流术，其术后的愈合时间是最短的，大约在术后3周左右，就会完全愈合，但是会形成肛瘘，需要二次手术。
如果是行肛周脓肿一次性根治术，术后的切口偏大，其愈合时间也会偏久，可能需要4周到6周的时间。
而对于一些高位的肛周脓肿行一次性挂线术时，由于挂线的脱落时间需要一到2周左右，所以其切口愈合时间更久，大多都需要6周以上的时间。