左右交替着头疼的原因大致如下：
1.神经性头疼的表现。主要的发病诱因是长期休息不好，过度的脑力劳动以及生活中各种压力等，多种神经性因素扰乱了大脑神经的正常生理功能，表现出左右交替头疼的症状。
2.颅内血管畸形导致局部血液供应障碍，出现缺血缺氧性改变，表现出剧烈的头疼不适，伴有恶心、想吐等症状。
3.高血压的表现。由于血管内压力持续升高导致脑血管扩张，表现出上述头疼症状。
因此，建议先明确病因后在医生的指导下对症治疗。