治疗小肠钩虫病的药物主要包括两大类：
第一类，是驱虫的药物，常用的药物有阿苯达唑，甲苯达唑，其他类的驱虫药比如噻嘧啶、甲苯达唑也可以用来治疗钩虫。
第二类药物，是治疗并发症的药物，患者发生钩虫病后会出现慢性失血的症状，患者可以表现为不同程度的缺铁性贫血，所以可以给予患者补充铁剂常用的药物由硫酸亚铁或乳酸亚铁。
对于严重贫血的患者还可以给予输血治疗，钩虫病还会导致患者营养物质的吸收缺乏，患者可以重现低蛋白血症，严重的低蛋白血症，需要静脉补充白蛋白。