灌肠过程通常并不痛苦，如果有肛裂或痔疮，则可能会有些疼痛，灌肠的具体感觉与灌肠的类型相关。
灌肠分为保留灌肠和非保留灌肠，保留灌肠通常用于医学治疗，通过灌肠向肠内注射适量的药物，以达到治疗的目的，通常该量相对较小，并且患者没有明显的不适。
如果便秘患者在肠胃手术前需要接受泻药或清洗灌肠，则注入的溶液量相对较大，将引起明显的腹部不适和强烈的排便感，但通常是可以忍受。如果在灌肠期间或灌肠后出现严重的腹痛或便血，应及时对症处理。