肠镜检查在对结直肠肿瘤、炎症性肠病、憩室病、黑变病、假膜性肠炎、缺血性肠炎、肠结核以及不明原因的结直肠出血等病等诊断上非常有价值意义。
如果患有痔疮，用肛门镜检查即可，无需用肠镜检查，因肠镜检查操作起来很不方便。因为内痔出血或内痔脱出发生嵌顿时，属于痔的急症，这时患者非常痛苦，贸然使用肠镜检查可能导致出血过多，所以不应该行肠镜检查。
如果内痔无症状时，用肠镜检查只可发现肛管部位充盈蓝紫色的血管，肛门外情况不能看到，而且具体部位不容易标记，所以不建议用肠镜检查痔疮。