目前对于多发性的胆结石，临床上以手术治疗为首选。因为大多数的多发性结石保守治疗效果较差，结石脱落致胆管造成梗阻的风险更高，而且即使多发性的胆结石不引起临床症状，它比单发性结石对胆道系统的刺激更大，合并感染或造成胆道损伤的几率更高。
目前对于多发性胆结石的治疗，需要根据结石的位置以及合并症状选择手术方案。常规的治疗方案，包括腹腔镜下胆囊切除或胆总管切开取石，部分数量较少的多发性结石，也可以通过ERCP进行内镜取石。
对于部分肝内胆管结石的患者而言，如果结石位置较深，数量较多，胆管切开取石困难，肝功损害严重，就可能需要进行肝部分切除或肝移植。