治疗口腔溃疡的药物包括促进溃疡愈合的药物以及止痛的药物。
单纯的口腔溃疡为自限性疾病，即使不进行治疗，7~10天左右也会自愈。但是该疾病会导致比较严重的疼痛感，所以应当积极进行治疗。促进溃疡愈合的药物包括口腔溃疡散、西瓜霜、冰硼散等一些散剂，也可以使用重组人表皮生长因子凝胶等一些药物进行涂抹。
如果疼痛比较严重，还可以使用利多卡因凝胶、复方苯佐卡因凝胶、苄达明喷雾剂等一些药物来进行止痛治疗。患者还可以通过使用免疫制剂以及维生素来防止疾病复发。