肛周湿疹的治疗，应该采用中西医相结合、外用及内服药物相结合等综合治疗，效果更佳。
急性肛周湿疹，因常伴有皮肤的破溃糜烂，应避免使用激素类的外用药膏，防止继发感染，延迟破损皮肤愈合。慢性肛周湿疹，要采取中药坐浴以及外用止痒药膏综合治疗，必要时可口服氯雷他定等抗过敏的药物。
慢性湿疹治疗周期较长，且易反复发作，必要时可行手术，封闭治疗。治疗期间应该保持肛门干燥，禁止食用辛辣等刺激性的食物，缓解紧张情绪等。