小儿眼肌麻痹，首先要查明具体的病因，然后根据病因对症治疗。
如果是由于感染而引起的这种症状，建议可以采用抗生素类的药物进行抗感染治疗，同时可以适当地补充维生素。也可以采用中医针灸的方式消除眼肌麻痹的症状，针灸治疗首选穴位为合谷穴、足三里以及风池穴等。在此期间应注意局部的卫生，避免感染，并且不要长时间地用眼，预防视力疲劳。
同时，如果患儿本身患有肿瘤或者是周围神经病变等病因，可以根据其病因采用手术的方式治疗原发疾病，从而缓解患儿眼肌麻痹的症状。