乙型肝炎的潜伏期是六周到六个月，平均是三个月，所以通常在感染乙型肝炎病毒的三个月左右会发病。
但是发病的人少数的，因为大部分人感染病毒之后可以清除病毒而不发病，或是隐匿性的感染也不发病。只有少数人感染乙型肝炎病毒之后，会出现典型的肝病症状，如乏力、厌食、恶心、呕吐、黄疸等症状，这部分人绝大多数通过机体的免疫反应，是可以将乙肝病毒清除的。
只有少部分人由于免疫功能低下，在感染病毒的六个月之内，仍然不能将乙型肝炎病毒清除，而变成了乙型肝炎病毒携带者。还有极少数的人在发病之后，由于机体的免疫反应亢进，造成大量的肝细胞坏死而形成急性肝衰竭。