少数表浅的肛瘘长期不发作，甚至自愈，但是非常罕见，绝大多数肛瘘都不会自愈。
肛窦感染化脓后，形成肛周脓肿。肛周脓肿破溃以后，脓液流出，炎症逐渐消退，渐渐形成肛瘘。感染的肛窦变为肛瘘的内溃口，肛门周围皮肤上的破溃口变成了肛瘘的外溃口，内口和外口之间的皮肤皮下有一条瘘管相通。
肛瘘的典型症状是反复发作的肛门红肿、疼痛、流脓，迁延不愈。皮下瘘管会逐渐分支，形成复杂性的肛瘘。但个别的、非常表浅的肛瘘，可出现长期不发作，甚至逐渐愈合的情况。