肛瘘本身是没有自愈的可能，肛瘘目前唯一治疗的方法是通过手术的方式治疗，是目前唯一能根治的方法。
引起肛瘘的原因考虑可能是由于肛腺感染形成肛周脓肿，肛周脓肿破溃以后形成与肛门内部相通的瘘管。首先需要先到医院就诊，医生会肛门指诊和肛门镜检查。
手术后恢复需要一个月左右的时间，手术后需要定期的换药，局部配合物理治疗、中药熏洗治疗，平时需要多喝水，多吃蔬菜水果，保持大便通畅，饮食方面也要注意。避免辛辣食物等刺激，造成切口不愈合。