卵巢囊肿是否会影响受孕率需根据卵巢囊肿的大小，卵巢囊肿是一侧还是两侧，囊肿的性质等综合评估。对于一侧的卵巢囊肿比较小，活动度好，囊肿边界清楚，无压痛及其它不适的，一般对怀孕的影响不大。
但对于囊肿边界不清楚，考虑卵巢巧克力囊肿，尤其是双侧，对卵巢组织的损害就比较大，可明显降低受孕率，甚至不孕。同时大的卵巢囊肿也会破坏卵巢的皮质功能，导致卵巢的功能下降，也会导致受孕率下降。
对于卵巢肿块不清楚，探查为恶性肿瘤，不仅影响受孕率，甚至会威胁女性的生命。所以大部分的卵巢囊肿会降低受孕率，对于卵巢囊肿大于5cm。一般都建议治疗，避免过大再手术，对卵巢的损害更大。