咽炎和扁桃体炎主要通过临床表现来进行区分，咽炎主要是咽喉部黏膜的炎症，发生咽炎后可以感觉到咽部的烧灼感，同时伴有咽部干燥的感觉，在吞咽食物时可以感觉到明显的疼痛，在对患者进行查体时可以发现咽部充血肿胀。
慢性咽炎的患者主要表现为咽部异物感，扁桃体发炎的症状要稍重于咽炎，患者咽部的疼痛比较明显，吞咽食物时可以明显加重，查体时可见扁桃体充血，病情严重的可以伴有脓苔。
咽部和扁桃体密切相连，有时可以同时发病，对两者往往无法准确地进行区别。