房间隔缺损的临床表现和缺损的大小有很大的关系，轻者没有任何临床症状，只是在查体的时候发现胸骨左缘二、三肋间可以听到收缩期的杂音。
如果房间隔缺损比较大，心房水平的血液分流量也增多，从而造成体循环血量不足，而影响患儿的生长发育，表现为孩子的体格比较小、消瘦、乏力、多汗，活动后会出现心悸、气促。并且因为肺循环充血发生呼吸道感染的概率比较高，特别是肺炎。
当剧烈的哭闹，尤其是患有肺炎或心力衰竭的时候，右心房的压力可以超过左心房的压力，发生心房水平短暂性的右向左分流，而出现青紫。