真菌性角膜溃疡如果发现及时，并给予恰当的治疗，是能够有效地改善疾病的。
从临床上看，真菌性角膜溃疡是一种常见的角膜感染性病变，不属于危重的眼部疾病，大多是可以通过药物或其他干预方式来治疗。真菌性角膜溃疡的治疗主要是以抗真菌性药物治疗为主，来抵抗真菌感染。
对于已经出现的角膜溃疡面，要在专业医生的帮助下进行手术刮除病理产物，清理创面，并给予促进角膜上皮修复的药物点涂，大多是可以有效恢复的。如果角膜溃疡面较深，可能需要角膜移植手术治疗。