如果只有一次自然流产，可能是偶然性比较大，一般临床上不会检查其发生原因，3个月后可自然怀孕，观察下一次怀孕情况。但是如果有连续两次以上的自然流产，需要检查其流产原因的。一般从遗传、免疫、解剖、内分泌、血栓前状态、感染等方面查找病因。遗传上要查夫妇双方染色体，如果有条件最好做绒毛染色体。解剖上查是否有子宫畸形引起的流产，比如子宫纵膈、单角子宫、双角子宫等。内分泌方面查是否有甲功异常，是否有高泌乳素血症、糖尿病等情况存在。血栓前状态查是否有抗磷脂综合征，凝血功能是否有异常。
免疫方面主要查是否有风湿免疫方面的因素，是否有NK细胞异常等。感染是否有感染因素，或者是否有风疹病毒、巨细胞病毒等的感染，生殖道是否有感染。从这些方面来排查自然流产的原因，以便对症治疗。