滑膜囊肿和滑膜肉瘤的区别主要包括三个方面：
第一，二者的组织来源不同。滑膜囊肿是在正常的结构上发生的病变，可能和慢性损伤有关，不会对周围组织产生浸润性的破坏。滑膜肉瘤往往来源于间叶组织，多呈浸润性生长，对周围的组织破坏较大。
第二，临床表现不同，滑膜囊肿可以出现局部的包块，可伴发关节的疼痛。滑膜肉瘤也可以导致局部疼痛的症状，疼痛的症状比较重，同时可以伴有病理性的骨折。
第三，滑膜囊肿不会发生周围和全身的转移，滑膜肉瘤既可以发生周围的转移也可以发生全身的转移。