急性肠系膜上静脉血栓形成的临床表现多有腹痛，腹部不适，排便规律改变（腹泻或便秘）等前驱症状。
此期患者症状不典型，查体亦无明确体征，仅表现为不确定的腹部深压痛，各项化验及辅助检查也无特异性变化，此时诊断肠系膜上静脉血栓形成很困难。
随着本病进入进展期，病程发展速度明显加快，患者的症状多突然加重，腹痛剧烈，呈持续性但定位不确切，一般止痛药物无效，常需强镇痛剂，如强痛定或杜冷丁方能暂时缓解，可伴有腹胀、恶心、呕吐。
进展早期患者症状明显加重但体征少，尚无明显肌紧张、压痛、反跳痛等腹膜刺激征，随着肠管缺血逐渐加重，肠壁水肿、渗出，继发腹膜炎则会出现相应体征。