军团病肺炎的治疗主要是药物治疗，体外药物敏感试验表明军团菌对多种抗菌药敏感，包括红霉素，利福平，氨基糖甙类抗生素，β-内酰胺酶类中的青霉素，氯霉素，抗菌优，多西环素和氟喹诺酮类等。但动物体内试验表明β-内酰胺酶类抗生素，氯霉素，四环素及氨基糖甙类抗生素无效。
临床观察表明红霉素为首选药物。红霉素治疗效果较好，可能与其脂溶性极易与透过巨噬细胞有关对，病情重而不能口服者推荐应用红霉素500~1000毫克，6小时一次静脉滴注，疗程至少两周，有脓肿形成时应将疗程延长。病情较轻者可用红霉素0.25，每日4次口服，疗程两周，疗程不足的可导致复发。病情严重的可加用利福平治疗300~600毫克，每天两次口服，大环内酯类抗生素中的罗红霉素，阿奇霉素，克拉霉素等组织浓度较红霉素高，副作用较轻，可代替红霉素。其他抗菌剂可选择多西环素，抗菌优，左氧氟沙星等。
对重症患者要注意支持治疗，尤其是呼吸衰竭，休克或急性肾衰竭时，呼吸器辅助呼吸，体液的补充，血管活性药物以及透析等均按病情需要而及时应用。