新生儿脓包疮可以通过接触传染或者自体接种感染。
新生儿脓包疮好发于儿童暴露部位，多见于夏末、秋初比较闷热的天气，由于这个季节汗液排出得比较多，如果瘙痒的皮肤经过搔抓后可以破坏皮肤的屏障功能，使得细菌更容易入侵。
脓包疮的主要感染病原菌是金黄色葡萄球菌，其次是乙型溶血性链球菌。细菌可以从破损的皮肤进入机体，由于新生儿汗液排出得比较多或者保暖过度，汗液浸渍皮肤都可以破坏到皮肤的屏障功能，部分患儿搔抓，由于局部搔抓导致自体的接种传播。感染患儿常用的接触物品、衣物或者玩具都可以是传染源。另外皮肤破损或者免疫力低下是患病的原因之一。