腺病毒载体新冠疫苗和新冠灭活疫苗主要的区别有以下两方面：
1.制备的方法不同。腺病毒载体新冠疫苗是以腺病毒为载体，把腺病毒基因的一部分替换成新型冠状病毒的某段基因，也就是S蛋白的基因，是重组新冠疫苗，而新冠灭活疫苗是把新型冠状病毒灭活以后制备而成的。
2.腺病毒载体新冠疫苗接种一针就可以了，而新冠灭活疫苗往往需要接种两针才能起到应有的效果。
此外，无论是腺病毒载体新冠疫苗，还是新冠灭活疫苗，都具有预防新型冠状病毒感染的作用，但是二者都不能完全预防新型冠状病毒感染。在日常生活当中仍然需要加强防护，比如疫情防控期间外出时可以佩戴口罩进行防护。