矮小症对身体的危害有心理影响、身体影响以及发育影响。
1.心理影响，有些孩子本身就比较好胜，或是爱挑战，就会影响到孩子心理发育，这群孩子身高要比正常同龄孩子矮，这样就会对孩子心理造成自卑或孤僻的心理，久而久之就会导致孩子心理出现问题。
2.身体影响，患有矮小症的儿童经常会由于生长激素分泌不足，而导致身体身高增长缓慢自然会出现个子矮的情况，并且外貌也会比实际年龄小。还有一些遗传内分泌疾病出现器官功能的问题，影响孩子的生长有的还会出现一些特殊容貌。
3.发育影响，引起矮小症的主要原因和甲状腺发育功能低下有着密切关系，得不到早期治愈，孩子很可能出现智力落后的现象。