咽拭子检测新型冠状病毒是可以的。新型冠状病毒的诊断主要是对患者采咽拭子行新型冠状病毒核酸检测，如果其咽拭子核酸检测为阳性，即可以确诊为新型冠状病毒感染，故通过咽拭子查病毒核酸是诊断新型冠状病毒感染主要的和常用的办法之一。
但要注意，咽拭子核酸检查也有一定的假阴性概率，因为部分患者可能其咽喉部的病毒排出量较少、采集的咽拭子标本不合格、检验技术的出入等因素，导致其可能出现阴性的结果。
临床上部分感染者，可能需要通过多次的咽拭子核酸检测才发现阳性。故临床上通常为了检测新型冠状病毒，对患者咽拭子查核酸的同时，联合采血行新型冠状病毒特异性抗体检测，来提高其准确率。