甲亢患者肝不好可能有不同的原因，要分别进行不同的处理措施。
甲状腺功能亢进症是由于过高甲状腺激素对肝脏的直接毒性作用、脉压增宽导致的肝血流增大，都可以导致肝功能异常。
甲亢在药物治疗时也可能存在肝功能损害，甲巯咪唑容易对胆红素产生影响，而丙硫氧嘧啶容易对转氨酶产生影响。
这两种情况在处理时有所不同，前者主要是由于甲亢本身所导致，所以可以应用抗甲状腺药物治疗，随着甲功好转，肝功能也会有所好转。而后者则需要根据肝功能损害的程度密切观察，必要时要加用保肝药物，严重时需要停止用药。