慢性肾盂肾炎大多数是由急性肾盂肾炎迁延而来。如果急性肾盂肾炎治疗不彻底，或者治疗不得当时，病情反复作，很有可能会形成慢性肾盂肾炎。
引起慢性肾盂肾炎的致病菌，最常见的是大肠埃希杆菌，主要的感染途径是上行感染。致病菌从尿道上行，进入膀胱引起膀胱炎，继续蔓延到输尿管，进入肾脏，而导致出现肾盂肾炎。正常人在尿道口也有少量细菌，但是一般不会引发感染，只有在尿道黏膜损伤、机体抵抗力下降的时候，才有可能会导致感染。还有少数肾盂肾炎患者是由血行感染导致的。出现肾盂肾炎以后，可能会出现肾功能的损害。