先天性巨舌症和先天性唇腭裂的区别主要有发生部位、症状、病因、治疗方法。
先天性巨舌症发生部位主要在舌部；其症状主要有舌体肿大、流口水、言语障碍、进食困难等；先天性巨舌症的发生与遗传有一定的关系，常见于某些畸形综合征，比如先天性愚型综合征、21三体性综合征等；先天性巨舌症的治疗主要以手术为主。
先天性唇腭裂发生部位主要在上唇和腭部；其症状主要有在上唇部和腭部，会出现单侧或双侧裂隙，不但会影响面部美观，而且还会影响正常发育。先天性唇腭裂主要是由于在胎儿发育过程中，面部和口部组织不能正常融合在一起造成的，多数认为是由遗传因素和环境因素共同作用导致；先天性唇腭裂的治疗主要以序列手术治疗为主。