头痛是一种症状，临床上可见多种原因，有些原因脑核磁能够检查出来，比如脑部有器质性病变，如脑出血、蛛网膜下腔出血、脑肿瘤、脑核磁检查均可以检查出来。
如果患者是由于高血压引起的头痛，脑核磁不能够检查出来。引起头痛也可能是原发性的头痛疾病，比如偏头痛、紧张性头痛和肌性头痛时患者也主要表现为头痛，核磁共振不能够检查出来。
患者如果有颈椎病也可能会出现头痛，为后脑勺部位的疼痛，颈椎核磁共振检查能够检查出来。患者如果是由于缺氧而导致，颈椎核磁不能够检查出来。