跑步时右侧腰疼有可能是腰椎间盘突出引起的，也有可能是退行性病变导致的，年龄比较大的人群容易出现退行性病变的情况，在剧烈运动之后，会出现明显腰疼症状。
跑步时右侧腰疼还有可能是结石、输尿管炎症或者是肿瘤导致的，需要到医院做详细的B超检查、X线检查、CT检查等，及时治疗。
另外，骨质增生、腰肌劳损患者在跑步时，也有可能会出现右侧腰疼的情况，或者是风湿疾病以及肌纤维炎所引起。过度劳累、长时间运动以及着凉等，都可能会引起右侧腰疼。