含牙囊肿的治疗方法有以下几种：
第一，手术。对于含牙囊肿患者，手术是比较推荐的一种治疗方法，尤其是体积小的含牙囊肿非常适合手术下摘除囊肿，同时还应将累及的牙齿拔除。但是如果患者囊肿累及的牙萌出较为明显，可在手术切除囊壁后对牙齿进行保留，同时可以根据患者具体情况进行正畸治疗。
第二，药物治疗。含牙囊肿药物治疗效果一般，但是若患者合并剧烈的疼痛，可以通过口服止疼药物进行治疗，以缓解患者疼痛症状。