治疗肠瘘的最佳时期一般是越早治疗，效果是越好。本身肠道就属于一种手术的并发症，造成肠道和身体免疫系统感染等情况的发生，引起电解质紊乱等情况，所以越早做手术，术后恢复的情况越好。
首先需要先确定病因是什么，什么原因造成的，治疗原发病的同时处理肠瘘。肠瘘的原因主要是消化系统手术、创伤、骨折、腹腔感染、恶性肿瘤、放射线损伤、化疗以及肠道炎症与感染性疾病等方面。
治疗的话一般以保守治疗或者手术治疗为主，如果达到治疗的目的，一般选择手术治疗。同时需要定期的复查，保持良好的生活习惯，防止发生复发。