腱鞘囊肿的鉴别诊断，包括以下几种疾病：
第一，痛风。痛风的病人也可以导致手指或脚趾的肿胀，如果有痛风石的形成，可以有肿块的形成，这时要和腱鞘囊肿相鉴别。痛风的病人往往尿酸高，可以有严重的疼痛。
第二，腱鞘巨细胞瘤。腱鞘巨细胞瘤可以生长在肌腱的腱鞘上，常可以是实性的肿块，按压有韧性的感觉，可以活动。在核磁或者是彩超可以见到实性的肿物，可以鉴别。
第三，绒毛结节滑膜炎。一部分绒毛结节滑膜炎病人可以发生在肌腱的腱鞘上，常为小的硬性的结节。这时通过彩超、核磁共振检查可以进行鉴别诊断。