含牙囊肿的后遗症主要是由于病变部位的牙齿被摘除，会影响正常的牙齿咀嚼和美观。
含牙囊肿主要是指囊壁包含一个未萌出牙齿的牙冠，而且附着于该牙牙颈部的囊肿；含牙囊肿不但会导致颌骨膨胀，而且还会导致牙根部疼痛以及牙齿缺失、食欲减退等情况，一旦确诊后需要及早进行手术治疗，含牙囊肿的治疗方法主要有囊肿刮治术以及囊肿切开术，通常需要两种方法进行联合治疗。
含牙囊肿在进行手术治疗后，患者所出现的症状会明显改善，但由于牙齿与囊肿一并摘除，患者就会出现牙齿缺失的情况，进而会影响咀嚼以及牙齿美观。