尿道口红肿的原因很多，需要找到病因进行治疗，最常见引起尿道口红肿的原因是尿道炎，各种原因导致的尿道炎，需要给予抗生素治疗，必要时行尿液细菌培养加药物敏感试验，根据结果调整抗生素种类及用量。
再者就是尿道口外伤，外伤后可以导致尿道口水肿，如果没有合并其它组织和器官的损伤，可不予治疗。
最后为尿道结石，有些患者尿道结石存在于舟状窝，因为此处尿道最为狭窄，结石嵌顿于此，不能排出，引起尿道外口红肿，患者排尿时可有疼痛不适的感觉。