接种疫苗是预防黄热病的最重要最基础的措施。目前的黄热病疫苗是安全、有效的。其副作用一般比较轻微，可能包括头痛、头晕、全身肌肉疼痛和低烧等。
世卫组织建议访问存在黄热病风险地区的人均接种疫苗。许多国家在发放签证之前要求提供黄热病疫苗接种证明，尤其是当旅行者来自或曾访问过黄热病疫情国家时，保存好黄热病疫苗接种证明并前往另一国家时随身携带。
一些不应接受常规接种的人，包括月龄尚小的婴儿、孕妇、对鸡蛋蛋白严重过敏的人，多存在严重免疫缺陷的人。