食管癌术后两年喉咙不舒服，首先需要做喉镜检查，对相关病因进行排查，明确是因为感染、充血造成的，还是因为食管癌复发造成的。
如果是感冒、细菌感染等让咽喉部位出现充血问题，造成喉咙不舒服的情况，只需要服用抗炎药进行治疗，一段时间之后就能够康复。
如果是因为食管癌复发造成的不适，第一时间就是需要做手术，将复发部位的肿瘤进行切除，术后可以进行同步放化疗治疗。
如果是不能手术的患者，则需要进行综合治疗，也就是保守治疗。