双侧输卵管炎治疗时，可以选择抗生素类药物进行治疗。一般在选用抗生素治疗时，可以先进行药敏试验，选择敏感的抗生素联合治疗，作用效果比较明显一些，但是一定要足量、足疗程使用。
同时，还可以使用一些治疗妇科炎症的中成药，比如妇科千金片、妇炎康胶囊等。甚至还可以使用热水袋或者是红外线烤灯对下腹部进行热敷，促进炎症吸收。
如果双侧输卵管炎比较严重，或者是有脓肿情况出现时，必要的时候需要进行手术治疗，手术以后使用相应的抗生素来预防感染。