肠穿孔与胃穿孔的病因基本上是相同的，临床上统称为胃肠道穿孔。
引起胃肠道穿孔的原因，包括外伤、炎症、溃疡、寄生虫病和肿瘤等。外伤主要是指穿刺型的损伤，包括锐器伤和枪伤等。炎症和溃疡多是由于细菌感染引起的，病毒也是一部分原因。
胃部炎症和溃疡的原因有幽门螺旋杆菌感染，肠道炎症包括阑尾炎、结肠炎、直肠炎等等。胃肠道的各种肿瘤都有可能在一定程度上因为肿瘤细胞过度增生导致肠道黏膜变薄，或发生溃疡导致穿孔，因此两者的原因大体相同。