直肠闭锁和肛门闭锁之间是有区别的，这两种疾病都是属于先天性的肛门直肠畸形。
直肠闭锁是肛门和肛管都发育正常，但是直肠的下端有盲端，与肛管之间出现有间隔。肛门闭锁就是没有形成肛管，导致直肠与外界不通，婴儿出生在一天之内就会有胎便排出，而因为肛门闭锁没有正常的肛门，会导致患儿胎便排出障碍，而引起呕吐、腹胀。
直肠闭锁也会导致婴儿出现出生后胎便排不出来，容易危及生命，这两种疾病一旦发生，要及时地做手术，尽快排出体内的胎便。