化脓性鼻窦炎可能是由于葡萄球菌、肺炎链球菌、溶血性链球菌、大肠杆菌、绿脓杆菌或流感杆菌等各种细菌感染导致。且造成化脓性鼻窦炎的疾病发作的病菌感染，并不一定是单一的细菌种类，也经常会出现混合性细菌感染的情况。
因此，在进行化脓性鼻窦炎的治疗前，可以收集鼻腔内的分泌物等物质，进行细菌培养的检查，确定引发疾病的细菌感染的种类，对症选用敏感类的抗生素药物来进行抗炎治疗。
这种用药方式比较具有针对性，起效往往也比较快。