男性龟头流脓主要是由于细菌感染所引起，但具体病因需要结合具体情况和细菌培养及结果综合分析。
首先，脓液来自龟头表面皮肤。这种情况主要是由于发生了包皮龟头炎而引起，常发生于包皮过长或包茎的患者，通常是细菌感染导致。应静脉滴注敏感抗生素，同时清除病灶处的脓液，涂抹莫匹罗星软膏等局部抗炎药物。
其次，脓液来自尿道。这种情况是由于尿道炎症所引起，常见致病菌为淋病奈瑟菌、金黄色葡萄球菌及厌氧菌等。需要提取脓液行细菌培养和药敏试验检查，根据检查结果选择敏感抗生素静脉滴注抗炎治疗。同时患者需要增加饮水量、多排尿，避免进食辛辣、刺激的食物。如为淋病奈瑟菌感染，还需要做好自我隔离，避免传染给他人。