需要与慢性肾炎鉴别的疾病很多，比如慢性肾盂肾炎，患者通常有反反复复发作的尿频、尿急、尿痛、腰痛等泌尿系统感染史，尿沉渣中可以发现有白细胞尿，尿细菌学检查发现有细菌生长可以区别。
慢性肾炎还需要与隐匿性肾炎相区别，通常隐匿性肾炎患者临床症状比较轻，一般不会出现血压升高，也不会出现肾功能下降。
慢性肾炎还要与原发性高血压肾损害鉴别。原发性高血压，肾损害通常是先有长期的高血压病史，再出现肾脏损害，尿改变比较轻微，只有少到轻度蛋白尿，在早期主要是肾小管功能损害，比如患者会出现夜尿增多。