孕晚期也有可能会导致胎儿出现畸形情况，尤其是在妊娠晚期时，最常见的畸形多为消化系统畸形、心脏结构异常、大脑发育异常。但是，在孕晚期的时候，胎儿的各个器官基本上已经发育完善，发生畸形的几率相对也比较小。
在怀孕晚期时，如果出现羊水量异常现象，尤其是出现羊水量偏多的情况时，可能是由于胎儿消化系统发育异常所导致。
在妊娠晚期的时候，有些胎儿的心脏、大脑，还需要进一步的发展。在发育的过程当中，如果接触到有害物质，也有可能会对心脏及大脑发育造成影响。