紫杉醇最大的副作用就是可以导致粒细胞的减少，而且此作用和紫杉醇的剂量有明显的相关性，紫杉醇导致的粒细胞减少，大多数患者是暂时性的现象，停药后患者的粒细胞可以自行恢复。
使用紫杉醇后可以导致患者的抵抗力下降，患者容易发生各种感染，比如口腔感染，有些患者会出现呼吸道感染。
使用紫杉醇的患者还有可能会发生过敏反应，紫杉醇还会对心血管系统造成损伤，部分患者使用后可以发生心绞痛；有些患者可以出现药物性心肌病，特别严重的可以发生心脏性的猝死。