孕囊形状不规则多是由于妊娠组织发育异常所导致。
这种发育异常可能是由于胚胎因素、母体因素、父亲因素及环境因素所引起的，例如由于胚胎染色体的异常，而导致妊娠组织无法正常发育，由于子宫的器质性病变压迫了孕囊，而导致孕囊的形态不规则。
可以通过B超以及血液的人绒毛膜促性腺激素的动态监测，了解妊娠组织的发育情况，以及有无出现流产或胎停育等情况的发生。对于先兆流产，可以使用孕激素类的药物进行保胎治疗。如果确诊为胎停育，可以通过药物流产或手术流产的方式终止妊娠。