缺铁性吞咽困难的发病原因，目前尚未证实，大多数专家认为缺铁是本病的重要因素之一。缺铁导致上皮层改变，从而引发吞咽困难的发生。
缺铁性吞咽困难的发病机制在病理学上一般很少见到，尸检时有时会发现鳞状上皮细胞变大，甚至形成空泡；除此之外，食管和咽的粘膜出现萎缩，上段食管胶原组织代替了肌萎缩组织。
大多数上食管噗患者，食管粘膜组织会发生非常微小的变化，并且噗的发展也非常缓慢，可以大多数处于一个静止的状态。在缺铁的情况下，食管上皮的糖原被耗尽，噗的病理活检一般正常，很少一部分患者会出现慢性炎症。