甲状舌管囊肿手术是可能会留疤的。甲状舌管囊肿手术其实主要分为两种：
一、微创手术，主要是针对囊肿比较小，而且病情比较轻微的患者。一般在采用微创技术将囊肿进行切除之后是不会留下瘢痕的，但是否适合还是要根据医生的面诊情况决定。
二、甲状舌管囊肿较大的情况，就只能够采用传统的开放式手术切除。因为手术过程当中必须要保证将囊肿完全去除，甚至有的人连舌骨中段也需要切除，所以留下的创面是比较大的，恢复不好就会留下一点瘢痕。