骶管囊肿属于硬脊膜囊肿，不含有脊神经根纤维的硬膜外脊膜囊肿多无症状，25%的患者含有脊神经根纤维的硬膜外脊膜囊肿伴有症状。骶管内有支配鞍区、大腿背侧、会阴区的感觉及运动神经。
囊肿靠近头端，会压迫坐骨神经，故骶管囊肿临床表现以慢性下腰部、骶尾部、会阴部疼痛不适为主，还伴有大腿背侧疼痛、坐骨神经痛，甚至神经源性跛行。
骶管囊肿内脑脊液压力增高，压迫周围骶神经、骨质，严重的可引起骨质破坏，比如囊肿持续性压迫周围神经纤维，患者会出现运动功能障碍，甚至大小便功能异常。