先天性心脏病患儿看病具体看诊哪个科室，要看患儿当时的具体情况决定。如果是准备去接受手术根治治疗的先天性心脏病患儿，应该挂小儿外科。分诊细的专科医院，可以挂小儿心胸外科。
先天性心脏病容易合并呼吸道感染，如果治疗目的是去控制感染情况，应该挂小儿内科。分诊比较细的医院，可以挂小儿呼吸内科。先天性心脏病患儿，如果是出现呕吐、腹泻等消化道症状，可以挂小儿消化内科。
医院各科室之间均有联系，必要时科室之间可以会诊，协商治疗方案。