儿童肾盂肾炎的确诊，是通过患者临床表现和相应的辅助检查。
1.急性肾盂肾炎。临床表现有排尿不适的症状，比如尿频、尿痛、血尿。会伴随全身症状，比如寒战、体温升高、腰痛、食欲下降。辅助检查提示尿中白细胞增多，有白细胞管型，中段尿细菌培养阳性，尿β2微球蛋白水平升高。
2.慢性肾盂肾炎。临床表现就是患者反复出现尿路感染的症状，有夜尿增多、尿比重降低。辅助检查提示肾脏外形凹凸不平，两侧肾脏大小不一致，或者出现肾盂肾盏变形。另外，患者有肾小管功能损害。